kaynağı değiştir]
Alaşehir; eski dönemlerde bilinen Filadelfiya (Philadelphia), Sart'ın yaklaşık 50km kadar güneydoğusunda, Gediz grabenininde geniş bir ovanın güney yamacında kuruluydu. Hem iklim yönünden, hem de güneyinde ve kuzeyinde bulunan dağlardan (horst) ovaya inen alüvyon toprakları sayesinde çok verimli bir araziye sahipti. Bu yüzdendir ki Alaşehir antik dönemden bugüne kadar bağcılıkla ün kazanmıştır. Öte yandan yörenin bu yapısı büyük tehlikeleri de içeriyordu. Filadelfiya'daki deprem izleri başka yörelere göre daha yoğundu. 17'de Sart'ın yanı sıra on kenti yıkan korkunç depremin sarsıntıları başka yerlerde sona ererken, Filadelfiya'da yıllar sonra dahi hissedilmeye devam etti. MÖ 63 yılında Amasya'da doğan ünlü coğrafyacı Strabon Filadelfiya'ya "deprem şehri" lakabını vermişti. Gerçekten de Filadelfiya'da hemen her gün artçı şoklar hissediliyordu. Şehir halkının büyük bir kesimi yeni sarsıntılardan ve yıkıntı taşlarından korktukları için açık arazide çadırlarda kalmayı tercih ediyordu.
Korkunç depremden sonra Roma imparatoru Tiberius, Sart'a yaptığı yardım gibi Filadelfiya'ya da yardım etti, şehir halkı onun onuruna şehrin adını "Kayser'in yeni şehri" anlamında Neocaesaria olarak değiştirdi. Yıllar sonra imparator Vespusyan Flavius'un döneminde tekrar isim değişikliği oldu. Bugünkü Alaşehir bir süre için Filavya adını taşıdı.
Kent, Yıldırım Bayezid tarafından 'de Osmanlıtopraklarına katılmıştır. İsmini Yıldırım Bayezid döneminde almıştır. Yıldırım Bayezid'in şehrin tepesi Toptepe'ye çıkarak "Ne âla şehir!" (Ne harika şehir!) dediği rivayet edilir. Bu temcidle şehrin ismi Alaşehir olarak kalır. Aziz Yuhanna Kilisesi yıkılmamış ve yıktırılmamıştır lâkin karşısına bir cami inşa edilmiştir. Bu cami "Yıldırım Bayezid Camii"dir ve ibadete açıktır. Timur istilasından sonra yaşanan Fetret Devri sürecinde, 'de yeniden Osmanlı topraklarına dahil olmuştur. yüzyılda Aydın Vilayeti'nin Saruhan Sancağına bağlı bir kaza olan Alaşehir, cumhuriyetin ilanına kadar Aydın İli Manisa Sancağına bağlı kalmıştır.