В 1959 году Турецкая федерация футбола основала Национальную лигу, которая получила название Суперлига. «Фенербахче» выиграл первый турнир, победив «Галатасарай» 4:1 на выезде. В следующем году, «Фенербахче» впервые в своей истории принимал участие в Кубке европейских чемпионов. В квалификационном раунде «канарейки» одолели венгерский «Чепель» (1:1, 3:2). Но уже в первом раунде команда после ничейных результатов (2:1, 1:2), в переигровке была разгромлена французской «Ниццей» 1:5.
«Фенербахче» стал самым успешным турецким клубом в 1960-х, выиграв пять из десяти чемпионатов. В 1967 году «Фенербахче» стал первым клубом, который выиграл Балканский кубок (турнир для клубов из Албании, Болгарии, Греции, Румынии, Турции и Югославии, который существовал с сезона 1960/61 по сезон 1993/94), одолев в финале в трёх матчах греческий АЕК (1:0, 1:2 и 3:1). Этот успех оставался единственным до 1992 года, пока другой стамбульский клуб «Сарыер» снова не выиграл этот трофей.
В 1970-х годах «Фенербахче» ещё четыре раза становился чемпионом. Тогда же впервые в борьбу за чемпионство в «большую тройку» («Фенербахче», «Бешикташ» и «Галатасарай») добавился новый клуб — «Трабзонспор», который во второй половине 70-х годов стал сильнейшим клубом страны. «Фенербахче» же начал вырывать позиции, выиграв только три чемпионата в 1980-х. После чего в течение 1990-х в Турции полностью доминировали «Галатасарай» и «Бешикташ», выиграв чемпионат девять из десяти раз. «Фенербахче» удалось выиграть чемпионат только раз в сезоне 1995/96 под управлением опытного бразильского тренера Карлоса Альберто Паррейры.