kaynağı değiştir]
'de, Yesrib'in (daha sonraki adıyla Medine) sunduğu güvenlik nedeniyle Muhammed, takipçilerine Medine'ye göç etmelerini emretti. Müslümanlar'ın çoğu, Kureyş direnişinden korkarak geceleri göç etti. Buna karşılık Ömer'in gündüz vakti açıkça göç ettiği ve "Karısını dul ve çocuklarını yetim bırakmak isteyen gelip benimle çarpışsın." dediği rivayet edilir.[21] Ömer, kuzeni ve kayınbiraderi Said bin Zeyd ile birlikte Medine'ye hicret etti.[22]
Ömer, miladi 31 Ekim tarihinde, kendisinden alınan verginin azaltılmasını isteyen, ancak talebi kabul edilmeyen Mugire bin Şu'be'nin Fars bir kölesi olan Ebû Lü'lüe tarafından, Medine'de sabah namazında iken hançerle saldırıya uğradı. Saldırgan intihar ederken, Ömer saldırıdan üç gün sonra, 3 Kasım tarihinde öldü.[24]