kaynağı değiştir]
Macellan ilk deniz yolculuğuna yılında, henüz 25 yaşındayken çıktı. Görevi Francisco de Almeida'yı Portekiz genel valisi olarak Hindistan'a götürmekti. Yerel bir kral üç yıl önce Vasco da Gama'ya vergi verdiği halde Almedia'ya vermeyi reddedince Macellan bu yolculuğunda ilk kez bir savaş görmüş oldu. Almedia bugünkü Tanzanya'da bulunan dönemin başkenti Kilwa'ya saldırıp bu bölgeyi ele geçirdi.
yılında Macellan doğu Hindistan'a giderek Baharat Adaları'na keşif gezilerinde bulundu. Şubat 'da, Osmanlı Devleti'nin bölgedeki gücünün gerilemesinin başlangıcı olarak da görülen Diu Muharebesi'ne katıldı. yılında kaptanlığa getirildi, fakat bir yıl içinde doğuya izinsiz gemi götürmek yüzünden bu yetkisini kaybetti ve Portekiz'e geri dönmeye zorlandı.
'de Fas'a gönderildi ve burada Azamor Savaşı'na katıldı. Bu savaşta dizinden ciddi biçimde yaralandı. İzin almadan savaşı terk edince Almedia'nın gözünden düştü, ayrıca Emevilerle yasadışı ticaret yapmakla suçlandı. Suçlamaların birçoğu zamanla etkisini kaybetse de, Macellan Portekiz kralı I. Manuel'in gözünden düştü. Kral, Macellan'ın ücretini artırmayı reddetti ve 15 Mayıs 'ten sonra yeni iş teklifinde bulunmayacağını bildirdi. Bunun üzerine Macellan hizmetini İspanya Krallığına sunmaya karar verdi.