Protein Yazılım

kaynağı değiştir]

Prokaryotlar: Prokaryot promotörlerinde iki önemli DNA dizisi vardır: biri, transkripsiyon başlama noktasından 10 nükleotit yukarıda ( konumunda) olan TATAAT dizisi; öbürü de 'te bulunan TTGACA dizisi. Prokaryotlarda RNA polimeraz DNA'ya bağlanır, sonra bir promotör bulana kadar onun üzerinde ilerler. Sigma altbirimi dizisini tanıyıp RNA polimerazın daha sıkı bağlanmasını sağlar. Sonra sigma ayrılır ve geriye dört alt birimli çekirdek enzimi birakır. A-T baz çiftleri G-C baz çiftlerine kıyasla daha zayıf oldukları için dizisinde DNA zincirleri birbirlerinden ayrılırlar. İki DNA zincirinin birbirinden ayrıldığı bölge "transkripsiyon kabarcığı" olarak tabir edilir. RNA polimeraz uygun noktadan itibaren RNA sentezine başlar.

Ökaryotlar: Ökaryotlarda 'da TATAAA veya benzeri bir dizi (TATA kutusu) ve civarında bulunan GGCCAATCT dizisi (CCAAT kutusu) vardır.

Ökaryotlardaki TATA kutusuna önce TATA Bağlanma Proteini (TBP) bağlanır. Bu başlama kompleksi RNA polimerazı promotöre seferber eder ve oradan transkripsiyon sürecini başlatmasını sağlar. Bu proteinler temel düzeyde bir transkripsiyon için yeterlidirler. Daha yüksek seviyede transkripsiyon elde etmek için başka transkripsiyon faktörleri gereklidir.

Promotör ve ökaryotlarda hızlandırıcılara bağlanan düzenleyici proteinler, RNA polimerazın DNA'ya bağlanmasına engel olarak veya bağlanmasını kolaylaştırarak transkripsiyonun seviyesini düzenlerler.

Uzama[değiştir kaynağı değiştir]

RNA'da bir firkete yapısı

Prokaryotlar: RNA polimeraz bir sonlanma sinyaline rastlayınca RNA sentezi sona erer. Prokaryotik genlerde iki tip sonlanma vardır: "ro" adı verilen sonlanma proteininin gerekli olup olmadığına göre, ro'ya bağlı ve ro'dan bağımsız sonlanma. Bunların sinyalleri farklıdır. Ro'dan bağımsız sonlanmada sık G/C nükleotitli bir bölgeyi izleyen sık A/T'li bir bölge bulunur. G/C'li kısım RNA'ya yazılınca, oradaki nükleotitler firkete görünümlü bir şekil alırlar ve bu RNA polimerazı yavaşlatır. Bunu izleyen sık A/T'li kısımda ise polimeraz duraklar ve DNA'dan kopar.

Ro'ya bağlı sonlanmada ise DNA'da sık C'li bir bölge olur. Transkripsiyon sırasında ro proteini büyümekte olan RNA'ya bağlanıp, onun üzerinden polimeraza doğru ilerlemeye başlar. Polimeraz sık C'li bölgeye gelince duraklar, bu sayede ro polimeraza yetişir ve yeni sentezlenmiş RNA'yı ondan kopartır.

Ökaryotlar: Ökaryotlarda prokaryotlardaki gibi belirgin sonlanma sinyalleri yoktur. RNA polimeraz mRNA'nın biteceği yerden nükleotit daha ileriye kadar okumaya devam eder. Bu RNA sonradan işlenerek fazla uzamış kısmı çıkartılır.

İşlenme[değiştir

Protein-ligand yanaştırma (moleküler) yazılımlarının listesi

Program Yayımlanma Yılı Organizasyon Web Hizmeti Lisans 1-Click Docking MculeEvetKullanımı ücretsiz AADS Hindistan Teknoloji EnstitüsüEvetKullanımı ücretsiz ADAM IMMD Inc.HayırTicari AutoDock Scripps Araştırma EnstitüsüHayırAçık Kaynak(GNU GPL) AutoDock Vina Scripps Araştırma EnstitüsüHayırAçık Kaynak (Apache Lisansı) BetaDock Hanyang ÜniversitesiHayırÜcretsiz yazılım Blaster Kaliforniya San Francisco ÜniversitesiMevcutÜcretsiz yazılım BSP-SLIM Michigan ÜniversitesiMevcutÜcretsiz yazılım CABS-dock^[1] Varşova ÜniversitesiMevcutAçık Kaynak(MIT Lisansı) (bağımsız uygulama)
Akademik kullanım için ücretsiz (web sunucusu) DARWIN Wistar EnstitüsüHayırÜcretsiz yazılım DIVALI Kaliforniya San Francisco ÜniversitesiHayırÜcretsiz yazılım DOCK Kaliforniya San Francisco ÜniversitesiHayırAkademik kullanım için ücretsiz DockingServer Virtua Drug LtdEvetTicari Docking Study with HyperChem^[2] Motonori TsujiHayırTicari DockVision DockVisionHayırTicari DOLINA Basel ÜniversitesiHayırAkademik EADock İsviçre Biyoinformatik EnstitüsüMevcutÜcretsiz yazılım eHiTS SymBioSys IncHayırTicari EUDOC Mayo Klinik Kanser MerkeziHayırAkademik FDS Southampton ÜniversitesiHayırAkademik Fitted^[3] Molecular Forecaster Inc.HayırAkademik kullanım için ücretsiz FlexX BioSolveITHayırTicari FlexAID Sherbrooke ÜniversitesiHayırAçık Kaynak (Apache Lisansı) FlexPepDock Hebrew ÜniversitesiMevcutÜcretsiz yazılım FLIPDock Scripps Araştırma EnstitüsüHayırAkademik kullanım için ücretsiz FLOG Merck Araştırma LaboratuvarlarıHayırAkademik FRED OpenEye ScientificHayırAkademik kullanım için ücretsiz FTDOCK Biyomoleküler Modelleme LaboratuvarıHayırÜcretsiz yazılım GalaxyPepDock Seul Ulusal ÜniversitesiMevcutAçık Kaynak(GNU GPL) (bağımsız uygulama)
Akademik kullanım için ücretsiz (web sunucusu) GEMDOCK Ulusal Chiao Tung ÜniversitesiHayırÜcretsiz yazılım Glide SchrödingerHayırTicari GOLD Sheffield Üniversitesi, GlaxoSmithKline plc ve CCDC arasında işbirliği ileHayırTicari GPCRautomodel INRAMevcutAkademik kullanım için ücretsiz HADDOCK^[4] Center Bijvoet Biyomoleküler Araştırma MerkeziMevcutAkademik ^[5]
(Ücretsiz Web hizmeti mevcut) Hammerhead Arris Pharmaceutical CorporationHayırAkademik ICM-Dock MolSoftHayırTicari idTarget Ulusal Tayvan ÜniversitesiMevcutÜcretsiz yazılım iScreen Çin Tıp ÜniversitesiMevcutÜcretsiz yazılım Lead finder MolTechHayırTicari LigandFit BioViaHayırTicari LigDockCSA Seul Ulusal ÜniversitesiHayırAkademik LightDock Barselona Süper Bilgisayar MerkeziHayırAçık Kaynak (GNU GPL) LIGIN Weizmann Bilim EnstitüsüHayırTicari LPCCSU Weizmann Bilim EnstitüsüMevcutÜcretsiz yazılım MCDOCK Georgetown Üniversitesi Tıp MerkeziHayırAkademik MEDock SIGMBIMevcutÜcretsiz yazılım Molecular Operating Environment (MOE) Chemical Computing GroupHayırTicari Molegro Virtual Docker MolexusHayırAkademik MOLS Madras ÜniversitesiHayırAçık Kaynak (GNU LGPL) MS-DOCK INSERMHayırAkademik
Ticari ParaDockS Halle-Wittenberg Martin Luther Üniversitesi ve Bilgisayarlı Biyoloji Partner EnstitüsüHayırAçık Kaynak(GNU GPL) ParDOCK Hindistan Teknoloji EnstitüsüMevcutÜcretsiz yazılım PatchDock Tel Aviv ÜniversitesiMevcutÜcretsiz yazılım PLANTS Konstanz ÜniversitesiHayırAkademik kullanım için ücretsiz PLATINUM Moskova Fizik ve Teknoloji Enstitüsü (Devlet Üniversitesi)MevcutÜcretsiz yazılım PRODOCK Cornell ÜniversitesiHayırAkademik PSI-DOCK Peking ÜniversitesiHayırAkademik PSO@AUTODOCK Leipzig ÜniversitesiHayırAkademik PythDock Hanyang ÜniversitesiHayırAkademik Q-Dock Georgia Teknoloji EnstitüsüHayırÜcretsiz yazılım QXP NovartisHayırAkademik rDock (Ticari)

(Akademik)

(Açık Kaynak) Vernalis R&D (Ticari)

YorkÜniversitesi (Ticari)

BarcelonaÜniversitesi (Açık Kaynak)HayırAçık Kaynak(GNU LGPL) SANDOCK Edinburgh ÜniversitesiHayırAkademik Score Alessandro Pedretti & Giulio VistoliMevcutÜcretsiz yazılım SEED^[6] Zürih ÜniversitesiHayırAçık Kaynak(GNU GPL) smina^[7] Pittsburgh ÜniversitesiHayırAçık Kaynak (Apache Lisansı) SODOCK Feng Chia Üniversitesi (Tayvan)HayırAkademik SOFTDocking Kaliforniya Üniversitesi, BerkeleyHayırAkademik Surflex-Dock TriposHayırTicari SwissDock İsviçre Biyoinformatik EnstitüsüMevcutWeb hizmeti akademik kullanım için ücretsiz VoteDock Varşova ÜniversitesiHayırAkademik YUCCA Virginia TechHayırAkademik

kaynağı değiştir]

Prokaryot ve ökaryotlarda transkripsiyon mekanizmalarının ayrıntıları farklılık gösterir. Prokaryotların çekirdek zarları olmadığı için, oluşmakta olan RNA'nın aynı anda ribozomlar tarafından da okunup çevrimi yapılabilir. Oysa ökaryotlarda, RNA çekirdek içinde oluştuktan sonra ribozomların bulunduğu sitoplazma ve endoplazmik retikuluma taşınır. Dolayısıyla transkripsiyon ve translasyon farklı mekân ve zamanlarda gerçekleşir.

Transkripsiyon üç aşamadan oluşur: başlama, uzama ve sonlanma. Buna ek olarak ökaryotlarda bir işlenme aşaması vardır.

Başlama[değiştir

nest...

86715 86716 86717 86718 86719