kaynağı değiştir]
Ana madde: Bileşik
Su, amonyak, karbonmonoksit ve karbondioksit gibi aşina olduğumuz maddeler aslında kimyasal bileşiktir. Bunların yanında daha az aşina olduğumuz sakkaroz (çay şekeri), asetilsalisilik asit (aspirin) ve askorbik asit (C vitamini) de kimyasal bileşiklere örnek teşkil etmektedirler. Bütün bu bileşiklerin ortak özelliği her birinin iki ya da daha fazla elementten oluşuyor olmalarıdır. Öyleyse, kimyasal bileşik iki ya da daha fazla elementin atomlarının oluşturduğu aynı özelliklere sahip moleküllerin oluşturduğu maddelerdir.[64] Kimyasal bileşikler, moleküler bileşik ve iyonik bileşik olmak üzere ikiye ayrılır.
Ana madde: Kimyasal bağlar
Kimyasal bağ farklı atomların elektronlarının etkileşimi sonucu oluşur ve atomları bir arada tutar. Kimyasal bağ atomlar arası elektron alışverişi sonucu oluşuyorsa iyonik bağ, eğer ortak paylaşım sonucu oluşuyorsa kovalent bağ olarak adlandırılır. Elektronların metal atomları arasında paylaşımı sonucu oluşuyorsa da buna metalik bağ denir.[69]
Ana madde: Molekül
Molekül birbirine bağlı bir grup atomun oluşturduğu kimyasal bileşiklerin en küçük temel yapısına verilen addır.[58] Diğer bir ifadeyle bir molekül bir bileşiği oluşturan atomların eşit oranlarda bulunduğu en küçük birimdir. Moleküller yapılarında birden fazla atom içerirler. Bir molekül aynı iki atomun bağlanması sonucu ya da farkı sayılarda farklı atomların bağlanması sonucu da oluşabilirler. Bir su molekülü 3 atomdan oluşur; iki hidrojen ve bir oksijen. Bir hidrojen peroksit molekülü iki hidrojen ve iki oksijen atomundan oluşur. Diğer taraftan bir kan proteini olan gamma globulin sayıda atomdan oluşmakla birlikte sadece 4 çeşit farklı atom içerir; hidrojen, karbon, oksijen ve nitrojen.[59] Molekülleri oluşturan kimyasal bağlara Moleküler bağlar denir. Bunlar kovalent, iyonik ve metalik bağlardır.[60]